Eu não sou artista, mas achei este tutorial muito bom do artista torstan, postado no devianart. Ele ensina a criar mapas isométricos a partir da visão superior (top down).
O tutorial é tão simples que você acaba pensando como não fez isso antes. A imagem abaixo resume todo o processo, mas para conferir os detalhes de cada parte acesse o link do tutorial aqui.
Você pode usar isso para criar o mapa para seu jogo isométrico, ou até um esboço ou concept art para o documento de game design.